Le héros (le joueur) vient d'un futur où le temps s'est arrêté. Pour sauver le monde, Massko et lui retournent dans le passé (le présent de notre partenaire) mais le héros perd la mémoire. Après quelques aventures, le héros se retrouve dans le futur avec Massko, poursuivi par un Noctunoir, et se fait aider d'une Celebi shiny pour retourner dans le présent pour sauver le monde. Massko se sacrifie pour protéger ses amis et repart dans le futur avec Noctunoir. Le héros et son partenaire réussisent à vaincre Dialga Primal (un Dialga plus sombre et plus agressif que d'habitude) et à éviter la Paralysie de la Planète (= l'arrêt du temps) mais comme il vient du futur et que l'histoire est modifiée, le héros disparaît.
De leur côté, Massko et Noctunoir s'allient pour vaincre le nouveau bras droit de Dialga Primal. Noctunoir bascule du côté lumineux de la Force et, avec Massko et Celebi, vainc Dialga Primal (celui du futur) pour faire gagner du temps au héros et à son partenaire. Le temps se remet en route, une lumière enveloppe leur corps et ils disparaissent (Noctunoir d'abord puis Massko et Celebi qui "meurent" ensemble en admirant le soleil levant). La musique plus haut est jouée à ce moment-là.

Et le pire c'est qu'à la fin tout le monde réapparaît. N'empêche que c'est triste