En fait, les pokémons sont enregistrés sous la forme d'une suite de chiffres en héxadécimal (donc on compte de 0 à F).

Lorsque la 6G est sortie, on s'est rendu compte que les pokémons n'étaient pas stockés dans des fichiers .pkm comme jusqu'à la 5G. On a donc créé le format .pk6/pkx qui permettait de prendre en charge les infos rajoutées par la 6G.
Ce sont des fichiers "décryptés", c'est à dire que quelqu'un qui sait lire l'héxadécimal peut l'ouvrir de la même manière qu'un txt et vous dire à quoi il correspond. C'est la première chose qu'à su faire PKHex.

Malheureusement, on s'est également aperçu que les fichiers utilisés par la console étaient "cryptés", s'est à dire que le "texte" du fichier ne correspondait à rien pour qui n'avait pas le bon mot de passe. Il a fallu longtemps avant qu'on comprenne comment fonctionnait ce code et que l'on puisse faire en sorte que PKHex gère ces fichiers.

Renommer un fichier ne change rien à ce qu'il contient, et donc quand tu mets un fichier .pkx "déguisé" en fichier crypté sur ta console, celle-ci ne comprend pas car elle ne sait lire que les fichiers cryptés. D'où la nécessité de l'enregistrer en .ekx

Je m'étais arrêté là pour ne pas compliquer la chose, mais il existe une légère différence entre les fichiers --6 et --x.
Celle-ci tient au noyau du système de la 3DS (pour résumer, le noyau c'est ce qui permet au logiciel de votre 3DS de comprendre ses composants et inversement), qui ne reconnaît pas les fichiers --6 correctement (je ne saurais pas vous expliquer plus et à moins que vous ne vouliez aider les gens qui bossent sur le logiciel de la 3DS en ce moment ce ne sera pas utile. Le cas échéant, vous aurez besoin de beaucoup plus de connaissances que moi dans ce domaine :p)